“神以智慧立地，以聰明定天，
以知識使深淵裂開，使天空滴下甘露。”
——舊約聖經·箴言
公元1543年，波蘭人哥白尼（Nicolaus Copernicus，Mikołaj Kopernik ）抱著自己剛出版的著作《天體運行論》逝世。雖然他的理論那時還沒幾個人讀過，宗教界的批評卻不留餘地，抨擊他不合聖經教義，抨擊他是先下結論才找證據；更有人認為他的見解不可理喻，假若地真的在動，怎麼地面上的東西沒有被拋出去？憑良心講，這種以偏概全的問題太不夠水準，難道隨便一輛馬車載貨都不可能麼？不過大部分批評本來就是雞蛋裡挑骨頭，目的只是要抹黑哥白尼教授（兼醫師、縣長、法學博士、通譯官及經濟學家）的聲譽，似乎連‘死後留名’的機會都不給他。
同樣是公元1543年，比利時人維薩里（Andreas Vesalius，Andries van Wezel）在威尼斯附近大學出版《人體的構造》，是自從古希臘學者蓋倫以來，第一位親自解剖屍體，也親自操作示範的醫師。他更鼓勵學生要由親身體驗作為醫學的入門，不能只用動物做比較，否則會整死病人。那時還有很多庸醫食古不化，繼承古羅馬的殘缺知識。羅馬草菅人命，卻禁止人體解剖，天主教和後來回教也是如此，結果一千多年來歐洲醫療都沒有進步；維薩里卻得到官方許可，把處死的罪犯用於科學，因而知道心臟有四腔，肝臟有兩葉，下顎只有一根骨頭，還把這些構造一一圖示。這些新知識使他成為當代的手術名師、皇室御醫，更有人不遠千里向他詢問私人隱疾。然而他也遭到其他醫師的嫉妒毀謗，天主教更向他施壓，故意誣衊他示範開刀時軀體心臟還在跳；結果他不得不託付職位，自己動身前往耶路撒冷‘朝聖’，實際上等於被流放。路上因盤纏不足，客死異鄉，年僅49歲。
像這樣的例子，在科學革命中不勝枚舉。丹麥人布拉赫(Tycho Brahe）發現新的星球還不斷誕生，更詳細記錄彗星軌道與距離，否定從亞里斯多德以來的‘完美’天行；不幸他一次出席宴會突覺不適，十多天後病死。那時以為他得了急性腎臟病，今日卻可推斷是被下了水銀劇毒。他的學生德國人克卜勒（Johannes Kepler）用慎密的數學演算，證明行星軌道都可以用橢圓表示，但橢圓的焦點是太陽而不是地球；雖然路德教派不禁止他做學術研究，但也不讓他領聖餐，相當於剝奪他進天國的資格。佛羅倫斯的伽利略（Galileo Galilei）發明更精確的望遠鏡，因而注意到木星的四大衛星和太陽的黑子。照理說，伽利略比哥白尼晚了近百年，教會對天文學應該開竅了；偏偏天主教固執地引經據典，要信徒接受古代的科學範疇，不服者由教會處分。身在意大利，伽利略居然想努力證明哥白尼的‘日心說’，簡直是正面與教會作對。異端裁判所宣告他‘有強烈異端嫌疑’，後半生被迫不得離開住處；只是國際學者仍絡繹不絕地來訪。教會最後強制他收回學說，公開承認自己的推論只是一種可能性，並非事實，連未來的著作都被判為禁書。1642年他死時，竟被埋在教堂邊最不起眼的地方，還是礙於他家族名望才沒被棄屍；又近百年後，伽利略學說受到肯定，才被重新厚葬樹碑。
儘管後代宗教人士對達爾文進化論、佛洛伊德心理學、甚至今日的幹細胞研究都頗有微詞，歷代科學家被宗教人士整得最慘的，非這批人莫屬。當代許多科學家為了避免受到教會‘矚目’，都盡量避免爭議性大的學科，否則也盡量雙面玲瓏，以防斷送自己未來。英國的培根（Francis Bacon）鼓吹‘科學方法’、歸納推理，也強調科學與技術是相輔相成；即使他的思想幫助英國走上工業革命，但這些看法不對教會造成威脅，所以他只被列入危險名單，很少被施壓。愛爾蘭的波以耳（Robert Boyle）在化學方面大有成就，尤其他的氣體定律至今是中學生必背公式；不過新舊約聖經對化學探討很少，所以仍算安全科目。其他動物學、植物學也是。法國的帕斯卡（Blaise Pascal）曾設計過機械計算機，也在流體力學小有成就；然而他晚年卻捨棄數學物理，反而致力捍衛基督教教義，結果他的宗教論文列入經典，只差沒被尊為‘聖帕斯卡’而已。與他相比，笛卡兒（René Descartes）同是法國人，創制解析幾何，打破了前代的數理局限，卻一生不斷被冠上‘反教會’、‘無神論’的臭名。
我們可能感嘆人類歷史幾千年，科技發展如此晚熟；殊不知這並非學者們一曝十寒，渾噩度日，而是世界容不下新思想，因而百般阻撓，導致科技無法問世。
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為何從十六到十八世紀，宗教界對科學家如此心狠手辣？從好的方面來想：教會畢竟是大型團體，所以有義務矯正信徒思維，杜絕邪佞理念滲透；科學卻可能讓世人覺得宗教是過時產物，甚至導致信徒嚴重流失。這對執政者、對社會、對教會，都不是好現象。可以說，排斥科學至少有一半是基於防範，才對科學家如此無情。從壞的方面來想：這時代才剛有麥哲倫環繞世界，確認地是圓的而不是平面，幾世紀來的完美創造論一下子粉碎；也剛有馬丁路德提出證據，公佈天主教的謬誤，幾世紀的領袖地位無形中瓦解。宗教界眼見自己一再權威掃地，豈不惱羞？只是他們對滔天變化沒轍，對小小科學家就不用客氣了。
曾有人說：“帶翅膀的不一定是天使，也可能是惡魔。”這兩類極端，或許悲天憫人，或許心胸狹窄，但不分教派都一樣存在。然而兩種看法還是有共通點：恐懼。大家怕社會亂象迭起，也怕自己失去重要地位。天主教已經損失了歐洲北方的新教範圍，這時戰火未停，瘟疫飢荒也偶然可見，所以他們更擔心科學會讓人加倍否定神；新教則分歧眾多，沒有共識，有的地方追逐世界的繁榮富裕，已把信仰冷落一旁，所以他們也唯恐信徒又以科學取代宗教。因為恐懼，才不希望多生枝節；畢竟教會面對經濟變動、政治紛擾、貧富問題，已經夠煩了，哪還容得了這些天文物理數學化學醫學家來扯自己後腿？
但宗教人士卻容易忘記，他們給自己添加的‘責任’，也不過是三個世紀以來的額外工作。還記得吧？中世紀教會雖是社會的精神支柱，卻不是學術先驅；十字軍東征後，號召文化工作的教會人士，一樣是被逼迫的學者；翻譯學習的材料，不是希臘羅馬古籍，就是中東文獻；大學的成立，是地方學士自己開創天地，而非教皇頒令。那時教皇主教異端裁判官，從來沒有一個人要大家停止征討耶路撒冷，改走學術路線；各地文化啟蒙小有成就，是在壓抑的環境中萌芽，而不是教會上層扶持他們一把。換言之，教會在學術界一直是尾隨他人，從未擔任真理探索的前鋒；然而新文化誕生了，教會又以此自我膨脹，似乎是上級指揮有功，才有如此燦爛的學術貢獻，因而對自己‘辨識真理’的權威不曾懷疑。好比一家公司總裁，拼命叫各級經理監視所有職員，不准他們作沒批准的工作；等到有小職員忍受不了官僚腐敗的風氣，自己越權做了不該做的工作，竟然能提高業績，總裁卻沾沾自喜，以為是公司領導有方，該多發紅利給自己；之後總裁更變本加厲，繼續強迫經理監視職員工作。這豈不是假冒為善，自欺欺人？
的確，教會有督導的責任，正如公司總裁有督導的責任。可是不明白職員工作的人，如何督導？不了解科學的人，憑什麼認為自己可以代替神，評判真理為何？
很慶幸的是，雖然科學家們面對宗教界的批判，卻不像十二世紀的學者孤單無助。他們受教會譴責，卻還有許多大學院士喜歡學習新知，許多出版商對他們著作有興趣，還有許多報社或激進人士，樂於利用科學家的不幸，煽動反天主教情緒，或是增加報紙流量。不少人背後更有政治靠山，而政治家遠比主教神父懂得知人善任；前面提到的科學家幾乎來自歐洲各國，原因很簡單：科學對軍事畢竟有幫助，贊助科學研究卻不需太大投資。鼓勵科學，可以使國家提升到世界先進國的地位，所以連荷蘭、丹麥、波蘭、瑞士這些偏遠地方，也能出現傑出科學家。
英國就是最佳範例，在它領先歐洲各國之際，牛津劍橋曾住了一大堆傑出人物。伽利略去世翌年，一個叫牛頓（Sir Isaac Newton）的人生於農夫之家，由於太早產，牛頓成長時身體較常人小，還有點亞斯伯格自閉症。他社交困難，拘泥細節，卻對特定事物有強烈興趣，語言認知方面倒無大礙。他年輕時就有非凡的數理領悟力，到了劍橋大學又青出於藍；古典力學幾乎全是他一手奠定基礎，然後由此推演出萬有引力，將天文與迷信徹底分界，幾百年來哥白尼、布拉赫、克卜勒、伽利略等學者也終於得以瞑目。【注：今日認為亞斯伯格症候群未必是殘缺，尤其患者在數學、科學、工程、電腦、音樂方面反而有獨到的才華。】
當然眾所皆知，牛頓的科學貢獻尚不只力學；他與德國的莱布尼茨（Gottfried Wilhelm Leibniz，首創二進位數學）各別推衍出微積分。後代畫牛頓肖像都手持三稜鏡，將白色日光分為七彩。牛頓確實是第一個分析光譜，不過光學比其他物理學熱門，單研究這科目的就包括荷蘭的斯涅爾（Willebrord Snellius，折射定律以他為名）、惠更斯（Christiaan Huygens，首度用波動解釋光），瑞士的蘭伯特（Johann Heinrich Lambert，發現餘弦輻射公式），法國數學家費馬（Pierre de Fermat，證明光永遠走最快路線）、笛卡兒、菲涅爾（Augustin-Jean Fresnel，燈塔透鏡的發明者，今日電腦模擬水波蕩漾，仍用他導的公式），還有牛頓最大的對頭，英國牛津大學的虎克（Robert Hooke，發現彈簧定律，發明真空汞、顯微鏡，更為‘細胞’定名）。虎克在科學上的貢獻絕不亞於牛頓，只是往往被人捷足先登，連顯微鏡方面的發現都被荷蘭的李文霍克（Antonie van Leeuwenhoek，微生物學創始人）搶走。畢竟大家是競爭對手，為了個人與國家的名聲，每個科學家都是晨興夜寐，不辭辛勞地賣力；而手上工具、書籍差不多，所以也很可能同時發現，同時推導出相同的理論，結果先發表的人就留名青史。這是必然的現象，唏噓也沒用；但競爭背後，人多總是力量：一股可以不在乎宗教界看法，只在乎假設推理實驗結論正確不正確的原動力。在追求真理的路上，大家終究是可敬可貴的同僚。
話說回來，教會所擔心的事，是否不幸成真？沒有，社會並沒有因為科學問世而否定教會；有些人本來就會找任何藉口離開教會，但這並不算是流失，只是認清信徒的真正面目罷了。二十世紀哲人羅素曾預測說：“宗教是知識蒙昧時期留下的產物，等到人類選擇用理性與科學作為引導，宗教就會逐漸消失。”然而在他之後，宗教並沒有消失於西方社會中；媒體和無知愚民確實不斷對宗教信仰做言論攻擊，可是為什麼同時卻有許多頂尖科學家是虔誠的人？為什麼從科學革命以來幾世紀，宗教沒有被取代？
牛頓自己寫道：“神的創造之所以完美，正因為萬物都由最單純的原理所造。祂是有秩序的神，不是混亂的神。”這是一種昇華的觀念。真理，並不是由教會人士許可的經文章節；真理是無所不在的，正如神是無所不在的。他會將發現名為‘萬有引力’，而後代還將他的著作《自然哲學的數學原理》簡稱為《原理》，正是要向世界闡明：天地有定理，浩瀚顯恆律。對牛頓本人而言，這就是神向人類所顯示，超乎想像的智慧。
人類由以管窺天的片面經驗一路走來，終於親眼看到真理。
宗教人士對這種見解態度不一。有人稱牛頓的看法為自然神學，似是把自然界，或是自然界的法則，當作神來敬拜。這種想法未免以小人之心度君子之腹。牛頓的著眼點是科學，他的話是對這單純又普及的原則感到讚歎，正如人看到巍峨高聳的教堂會讚歎一般，並非把宏偉的教堂當作是神。大多數人反而覺得科學不與教會宗旨衝突，因為科學家的研究，讓世人更明暸神的偉大。那時代的英國醫師哈維（William Harvey）詳細描述心臟與循環系統；卡文迪西（Henry Cavendish）繼承牛頓，精準計算萬有引力常數和地球質量；法國的拉瓦錫（Antoine Lavoisier）發表物質不滅定律，帶動另一波化學革命；遠在美洲的富蘭克林（Benjamin Franklin）更由放風箏，證明天空的雷電與實驗室所蓄的靜電相同。其餘大小科學家貢獻各不同，但他們的共同目標，就是從混沌中尋秩序；而秩序，也成功地說服了教會裡的反對聲浪。公元1758年，連天主教都取消了有關日心說的禁書令，距哥白尼逝世、維薩里出書，已是215年之久。
那麼，真理就到此為止麼？牛頓說：“我像沙灘上的孩子，偶爾撿到貝殼，卻尚未發現大海這片更廣闊的真理。”萊布尼茲更追問：“為什麼會‘有’？而不是‘沒有’？”言下之意，為什麼這樣的定理秩序，居然會存在於世界，而且還能讓人發現？這問題似乎已經不是科學所能理解的範圍了，不過誠如笛卡兒說過：“我思故我在”；換言之，我不思則不存在。不管能不能理解，人類大概仍會永遠問下去：為什麼為什麼為什麼？
只為了有一天能告訴自己：我終於徹底明白了。
